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苹果手机查询已删除的短信，可以通过以下几种方法。
借助iCloud备份恢复
如果之前有进行iCloud备份，那么可以通过以下步骤恢复已删除的短信：
1、打开iPhone的【设置】-【通用】-【还原】。
2、选择【从iCloud备份恢复】。
3、等待恢复完成后，即可在短信应用中查看所有已恢复的短信。
方法二：使用第三方软件恢复删除的短信
如果第一种方法无法恢复，可以尝试使用第三方软件来恢复已删除的短信，可以使用数据恢复软件来扫描手机中的残留数据，从而尝试找回已删除的短信，但这种方法可能需要一定的技术知识和经验，并且存在一定的风险，在使用第三方软件恢复数据时，请确保选择可信赖的软件并按照正确的步骤操作。
方法三：通过iTunes备份恢复
如果之前有通过iTunes备份手机数据，也可以通过以下步骤恢复已删除的短信：
1、将iPhone连接到电脑上，并打开iTunes。
2、选择设备，然后选择【恢复备份】。
3、选择要恢复的备份文件，然后点击【恢复】。
4、完成恢复后，即可在短信中查看所有已恢复的短信。
方法并不能保证一定能够恢复所有已删除的短信，如果无法恢复，建议尽快联系苹果官方客服寻求帮助。